El Colegio Mayor Fray Luis de León, además de proporcionar alojamiento, promueve la formación de sus colegiales mediante la realización de actividades formativas, de orientación profesional, culturales y deportivas, entre otras; considerándose necesario, para la formación y plena implicación en la vida colegial, la participación de los estudiantes en el desarrollo y la organización de las mismas.
Para la consecución de tales objetivos, así como para lograr una eficaz comunicación entre los colegiales y la Dirección, el C.M. Fray Luis de Léon dispone de varios órganos colegiados que se reunen periódicamente: Consejo de Dirección, Consejo Colegial y Asamblea Colegial. Además, hay varias Comisiones Delegadas de la Asamblea Colegial que se organizan por áreas temáticas:
Las actividades que las distintas Comisiones Colegiales del Mayor «Fray Luis de León» han ido organizando son las siguientes:
Actividades Culturales. En el marco del Foro Cultural «Fray Luis de León», se organizan, dentro del propio Colegio Mayor, ciclos de conferencias, coloquios y exposiciones. Se trata bien de actividades de corte académico, con la participación de profesorado universitario, o bien de actos con personajes de relevancia pública.
Conferencias del FORO CULTURAL FRAY LUIS DE LEÓN. Dentro de las actividades culturales del Colegio Mayor, destaca la existencia, desde el Curso Académico 2003/2004, del Foro Cultural del Colegio Mayor Fray Luis de León, que es una comisión integrada por los propios estudiantes del Mayor y a través de la cual se organizan conferencias y ciclos temáticas de interés. Algunas de las conferencias más destacadas han sido: María Teresa Fernández de la Vega, Miguel Ángel Revilla, Fernando Ledesma, Carlos Iturgaiz, Ignacio Gordillo, Nicolás Redondo Terreros, José Bono, Ouka Leele (Bárbara Allende Gil de Biedma), Agustín García Calvo, Vicente Aranda Ezquerra, Juan Carlos Rodríguez Ibarra, Jaime Siles, José María Gil-Robles y Gil-Delgado, Gaspar Llamazares, Arístides Royo, Ramón López Vilas, etc.
Actividades de Ocio. Certamen de Monólogos, Certamen de Creación Artística, Intercambio con otros Colegios Mayores nacionales, Cine - Fórum, Excursiones, Torneos y Campeonatos de mus, futbolín, dardos, póker, etc.
Fiestas académicas oficiales. El Colegio Mayor Fray Luis de León celebra, a lo largo del Curso Académico, tres fiesta oficiales:
Actividades Deportivas. Participación de equipos del Fray Luis de León en los torneos de deportes colectivos Trofeo Rector y Trofeo Interresidencias: fútbol, fútbol sala, voleibol, balonmano, baloncesto, etc.